1) Akılcı İlaç Kullanımı Çalışma Komisyonu   
İlaçların güvenli, etkili , uygun ve ekonomik biçimde kullanılmasını destekleyen bilimsel çalışmalar, eğitimler ve farkındalık projeleri yürütür. Bu komisyonun çalışma alanları; ilaç danışma, konsültasyon, farmakovijilans, farmakogenetik, toksikoloji gibi Klinik Farmakolojiyi ilgilendiren temel konulardır.

2) Klinik İlaç Araştırmaları Komisyonu
Klinik araştırmaların (BY/BE, FAZ 1-4, gözlemsel ilaç çalışmaları...) etik bilimsel ve kalite standartlarına uygun yürütülmesini desteklemek, araştırma kültürünü güçlendirmek ve iyi klinik uygulamaları yaygınlaştırmak amacıyla çalışmalar yapar.

3) Teratojenite Komisyonu
Gebede ve emzirende ilaç risk analizi ve akılcı ilaç kullanımı alanında konsültasyon hizmeti, bilimsel araştırmalar, farkındalık çalışmaları ve eğitim faaliyetleri yürütür. Teratoloji Komisyonu'nda yer almak için hali hazırda açık ve aktif işleyen bir klinikte görev alıyor ve düzenli raporlama yapıyor olmak şartı bulunmaktadır.

4) Preklinik Araştırmalar Komisyonu
İlaç araştırmalarının temel bilimsel aşamalarında yürütülen deneysel çalışmaların etik, bilimsel ve metodolojik standartlara uygunluğunu teşvik eder. Yeni ilaç adaylarının farmakodinamik, farmakokinetik ve toksikolojik değerlendirmelerinde araştırma kalitesini artırmayı amaçlar.

5) Eğitim Komisyonu
Lisans ve uzmanlık eğitimi standartlarının geliştirilmesi, eğitim programlarının güncellenmesi ve ulusal ölçekte nitelikli farmakoloji eğitiminin yaygınlaştırılmasını amaçlar.

6) Tıpta Uzmanlık Yeterlilik Kurulu Komisyonu
Uzmanlık eğitimini iyileştirmek, düzeyini yükseltmek, uluslararası ve ulusal standartlara uygun hale getirmek

7) Genç Uzman ve Asistan Komisyonu
Genç uzman ve asistanların eğitim, araştırma ve mesleki gelişim süreçlerini destekleyerek tıbbi farmakoloji topluluğunda aktif rol almalarını teşvik eder

8) Farmakolojide Dijitalleşme ve Yapay Zeka Çalışma Komisyonu
Dijital sağlık teknolojileri, veri bilimi ve yapay zeka uygulamalarının farmakoloji alanındaki kullanımını teşvik eder. Klinik ve preklinik araştırmalarda dijital dönüşüm, veri analitiği ve akıllı sistemlerin entegrasyonuna yönelik stratejiler geliştirir.

9) Hukuk Komisyonu
Dernek çalışmalarının yasal çerçevede yürütülmesini sağlamak, hukuki süreçlerde danışmanlık sunmak ve mevzuat uyumunu güçlendirmek amacıyla faaliyet gösterir.

10) Etik Komisyonu
Tıbbi Farmakoloji alanında etik ilkeler geliştirmek ve yerleştirmek, üyelerin etik davranış ilkeleri konusunda karşılaştıkları sorunlarla ilgili tavsiye ve yönlendirmelerde bulunmak, yayın etiği,  araştırma etiği gibi konularda çalışmalar yapmak, üyelerin karşılaştığı etik sorunlarla ilgili bilgi ve danışmanlık vermek.